Dot-Plot-Analyse |
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In unserer Praktikumszeit hatten wir die Aufgabe, ein kleines Programm zur Dot-Plot-Analyse zu schreiben. Was es mit dem Programm auf sich hat, möchten wir auf diesen Seiten hier erklären.
Zusammenfassung
Zu Beginn mussten wir natürlich erst einmal eine Datenquelle finden. Bei der Suche sind wir in der großen Datenbank NCBI fündig geworden. Für ein erstes Beispiel suchten wir nach Bakterien der Gattung Helicobacter pylori (Dieses säuretolerante Bakterium kann eine Infektion der Magenschleimhaut verursachen und gilt deshalb als Hauptursache von Magengeschwüren). Als Ergebnis erhielten wir HTML-Files des folgenden Typs:
Im oberen Bereich befanden sich eine Vielzahl von Angaben, wie z.B. Titel, Autoren und Datumsangaben. Von Interesse war für unsere Zwecke aber nur der untere Bereich mit dem sequenziellen Kettenaufbau des Bakteriums. Wir benötigten also einen Filter. Für diese Aufgabe entwickelten wir unser erstes Teilprogramm, den --> Extractor. |